Das Spiel beginnt natürlich mit einer kurzen Phase, in der man Naruto als Akademieschüler spielt und anschließend, von Mizuki verleitet, die Schriftrolle mit den geheimen Konoha-Jutsus stiehlt.
Es folgt Narutos Genin-Zeit, während der er einige Missionen mit dem Team 7 erlebt, bis er, nach der Chunin-Auswahlprüfung auch Missionen mit den Ge- und Chunin anderer Teams absolvieren kann.
Der Abschluss der geradlinigen Storyline bildet Sasukes Entführung durch die Oto-Nin.
In der folgenden Zeit spielt man abwechselnd die Hauptcharaktere, die ihr ganz persönliches Training durchlaufen und dabei Stationen erreichen und neue Teamkameraden wie Jutsus (kennen-)lernen, die es im Manga zum Teil nicht gegeben hat, um dem Spiel ein wenig mehr Freiheit zu gewähren.
Der Shippuuden-Teil beginnt damit, dass Naruto und Sakura ihren Kampf mit Kakashi austragen und eine ausgedehnte Mission in Orochimarus altem Labor durchführen.
Danach folgt die Entführung des Kazekage.
Im Moment bietet das Spiel etwa 25 Stunden an reiner Storyline.